В то же время Бодуэн полагал, что при живых чередованиях в пределах морфемы тождество фонемы сохраняется: в русск. везу — вёз, несмотря на оглушение согласного, выступает одна и та же фонема з (однако, по мнению Бодуэна, в мышлении некоторых носителей русского языка в вёз фонема с, возможно, уже обособилась от з в везу).

Источник: Петербургская фонологическая школа

Однако речь у И. А. Бодуэна де Куртенэ идёт лишь об использовании для смыслоразличения отдельных признаков звуковых единиц, таких как глухость — звонкость согласных (ср. русск. там — дам).

Источник: Петербургская фонологическая школа

Л. В. Щерба, оставаясь верным данной точке зрения до конца жизни, в том числе в опубликованной посмертно статье «Очередные проблемы языковедения», отмечал важность для понятия фонемы её свойства быть непосредственно связанной со значением (играя роль целого слова, к примеру в русск. и, а, или грамматического показателя) или быть потенциальным носителем смысла, иначе говоря способности иметь значение.

Источник: Петербургская фонологическая школа

Так, согласно Аванесову, в русск. ногу — н[ʌ]га в первом слоге имеет место чередование сильной фонемы о со слабой фонемой α в пределах одного фонемного ряда, что имеет некоторое сходство с трактовкой, предлагаемой ЛФШ.

Источник: Петербургская фонологическая школа

Ленинградские фонологи не склонны отождествлять дифференциальные признаки (ДП) с фонетическими свойствами фонем, считая ДП абстракцией, неодинаково проявляющейся фонетически в случае разных фонем, и указывают на важность для опознания слов на слух и недифференциальных (интегральных) признаков составляющих его фонем: например, по Л. Р. Зиндеру, произнесение русск. она с заднеязычным [ŋ] затруднило бы опознание данного слова, хотя переднеязычная артикуляция не является ДП для произносимого здесь в нормальном случае [n].

Источник: Петербургская фонологическая школа

Отождествление звуковой единицы с той или иной фонемой осуществляется посредством соотнесения дифференциальных признаков наблюдаемой единицы с дифференциальными признаками фонем языка; так, конечный [k] в русск. рог относится к фонеме /k/, несмотря на чередование с [g] (рога), поскольку обладает теми же дифференциальными признаками, что и фонема /k/.

Источник: Петербургская фонологическая школа

Комбинаторные аллофоны возникают под воздействием соседних звуков; в русском языке таковы лабиализованные аллофоны согласных фонем, выступающие в позициях перед [u] и [o], ср. русск. тот [t°ót].

Источник: Петербургская фонологическая школа

Выбор позиционного аллофона диктуется позицией — положением фонемы в слове (например, в русском языке смычные взрывные шумные согласные на конце слова реализуются как сильно придыхательные, ср. русск. вот [vótʰ]) или влиянием ударения (в русском языке в первом предударном слоге фонема /a/ реализуется в аллофоне [ʌ]).

Источник: Петербургская фонологическая школа

Примером чередования такого рода может служить пара русск. погода [-dʌ] — погоду [-d°u], где во первом случае выступает неогубленный, а во втором — огубленный аллофон фонемы /d/.

Источник: Петербургская фонологическая школа

Более того, фонетическая позиция может оставаться неизменной: в русск. погоды [-dы] — погожий [-žы] оба альтернанта (члена чередования) находятся в позиции перед гласным [ы].

Источник: Петербургская фонологическая школа

Несмотря на тот факт, что альтернантами в таких случаях выступают разные фонемы, а не аллофоны одной фонемы, живые чередования являются обусловленными фонетическими причинами; к примеру, в русск. погода [-da] — погодка [-tka] мена звонкого шумного согласного на глухой обусловлена тем обстоятельством, что в погодка согласный оказывается в слабой позиции — в положении перед глухим согласным.

Источник: Петербургская фонологическая школа

Московская фонологическая школа вводит понятие гиперфонемы как единицы, выступающей лишь в тех случаях нейтрализации, для которых невозможно подобрать сильную позицию, то есть в изолированных слабых позициях, в частности в русск. сто (в фонемной транскрипции московских фонологов — <{с/з}то>), баран (<б{а/о}ран>).

Источник: Петербургская фонологическая школа

Из автономности фонемы, согласно ЛФШ, вытекает и независимость определения фонемного состава слова от наличия минимальных пар; так, согласно Л. Р. Зиндеру, спорящему здесь с учением МФШ о гиперфонеме, определение первой фонемы как /g/ в русск. где является однозначным, несмотря на отсутствие в ряду однокоренных слов сильной позиции для данной звуковой единицы.

Источник: Петербургская фонологическая школа